Iako je Bokeljska mornarica u očima javnosti danas uglavnom prepoznata po svojoj manifestacionoj djelatnosti – nastupima na gradskim svečanostima i igranju tradicionalnog kola, ne treba izgubiti iz vida da je ona uvijek posvećivala veliku pažnju proučavanju pomorske istorije Boke Kotorske i kulturnom razvoju svog matičnog grada, uključujući, naravno, i proučavanje sopstvenog razvojnog puta. To je našlo izraza u njenoj aktivnoj saradnja sa drugim kulturnim institicijama, kao i u organizovanju odgovarajućih izložbi i naučnih skupova.

Iz takve djelatnosti Mornarice proizašla su kapitalna djela vezana za njenu istoriju, ali i za druge segmente kulturnog života Kotora, koja su publikovana u okviru njene vlastite izdavačke djelatnosti, nažalost često u vrlo ograničenim tiražima zbog nedovoljnih finansijskih sredstava. Ovdje navodimo ona najvažnija:

Čanak-Medić, Milka; Čubrović, Zorica, Katedrala Svetog Tripuna u Kotoru, Kotor, 2010.

Dvanaest vjekova Bokeljske mornarice (809–2009), monografija, Podgorica, 2013.

Dvanaest vjekova Bokeljske mornarice, zbornik radova sa međunarodnog naučnog skupa, Kotor, 2010.

Luković, don Niko, Prčanj, reprint u izdanju Bokeljske Mornarice 809 – podružnica Beograd, Beograd, 2010.

XII vjekova Bokeljske mornarice, monografija, Kotor, 1972.

Milošević, Miloš, Jelena Antović (priređivači), Statut Bratovštine svetog Nikole mornara u Kotoru iz 1463 sa alegatima do 1807. godine, fototipsko izdanje sa prevodima, prepisima i regestima, Kotor, 2009.

Sbutega, Antun, Bokeljska mornarica, Pomorski muzej Crne Gore, Kotor, 2017.

Sbutega, Antun, Historija pomorstva Crne Gore u kontekstu jadranskog, mediteranskog i svjetskog pomorstva, Pomorski muzej Crne Gore, Kotor, 2018.