Organi Bokeljske mornarice Kotor su: Skupština, Admiralat, Upravni odbor, Nadzori odbor i Sud sedmorice. Skupština Bokeljske mornarice Kotor može formirati i ostale odbore, koji mogu biti stalni i privremeni.

Skupština

Skupština je najviši organ odlučivanja Bokeljske mornarice Kotor, a sačinjavaju je po 20 članova matične organizacije iz Kotora, podružnice Tivat i podružnice Herceg Novi, 3 člana podružnice Beograd i svi članovi Admiralata i Upravnog odbora.

Mandat članova Skupštine traje 4 godine i mogu biti ponovo birani.

Redovna Skupština održava se svake godine, a izborna svake četvrte godine. I jednu i drugu saziva Upravni odbor na predlog Admiralata. Vanredna Skupština može biti sazvana na predlog Upravnog odbora, Admiralata ili 1/3 ukupnog broja delegata Skupštine.

Predsjednik Skupštine Bokeljske mornarice Kotor je Saša Milošević.

Admiralat

Admiralat sačinjavaju: admiral, viceadmiral, predsjednik Upravnog odbora, majori (bira ih Skupština na prijedlog Upravnog odbora i Admiralata); kapetani, koji su istovremeno i komandiri odreda, ađutant admirala i kolovođa Glavnog odreda (imenuje ih Admiralat); ceremonijal majstor i domaćin.

Admiralat obavlja sve poslove koji su u vezi sa aktivnim sastavom Bokeljske mornarice Kotor i one poslove koje odredi Skupština.

Admiralat na predlog Upravnog odbora imenuje malog admirala. Mali admiral se bira na sjednici Admiralata 13. januara svake godine, a mandat mu traje godinu dana.

Admiral Bokeljske mornarice Kotor je dr Antun Sbutega, a viceadmiral Ilija Radović.

Upravni odbor

Upravni odbor sačinjavaju: predsjednik (bira ga Skupština), tri potpredsjednika (dva potpredsjednika su iz sastava podružnica) koji mijenjaju predsjednika u njegovom odsustvu,

sekretar (bira ga Upravni odbor), predsjednici podružnica, admiral, domaćin i blagajnik.

Upravni odbor bira se na četiri godine i članovi mogu biti ponovo birani.

Sjednice Upravnog odbora saziva i vodi predsjednik, a sjednica može biti sazvana ako to zahtijeva većina članova Upravnog odbora.

Upravni odbor rješava pitanja koja nisu isključivo stavljena u zadatak Skupštine ili Admiralata.

Predsjednik Upravnog odbora Bokeljske mornarice Kotor je Aleksandar Dender.

Nadzorni odbor

Nadzorni odbor Bokeljske mornarice Kotor sastoji se od tri člana i tri zamjenika.

Članovi Nadzornog odbora nadziru rad Bokeljske mornarice Kotor i njenih organa, a posebno finansijsko-materijalno poslovanje.

Odbor je dužan da najmanje jednom godišnje pregleda poslovanje i podnese pismeni izvještaj Upravnom odboru i Skupštini Bokeljske mornarice Kotor prilikom njenog redovnog zasjedanja.

Ostali odbori

Ostali odbori koje Bokeljska mornarica kotor formira mogu biti stalni ili privremeni.

Stalni odbori su: Odbor za njegovanje pomorskih, kulturniho-umjetničkih i ostalih tradicija Bokeljske mornarice Kotor i Odbor za rad sa podmlatkom Bokeljske mornarice Kotor (djelovanje u školstvu).

Privremeni odbori se osnivaju prema potrebi radi rješavanja posebnih zadataka.

Sud Sedmorice

Ovaj sud se sastoji od: admirala, viceadmirala, prvog majora, predsjednika Upravnog odbora i predsjednikâ podružnica.

Sud sedmorice rješava sve sporove nastale u Bokeljskoj mornarici Kotor, kao i žalbe i prigovore pojedinih članova zbog nepravilne primjene Statuta. Njegova rješenja su punovažna i konačna.